A seguito della mostra del 1994 (protrattasi fino ad aprile 1995) e dopo la sistemazione di una selezione di strumenti in sei bacheche (Malfi, 1997), nell'anno scolastico 1997-1998 venne presa in considerazione l'idea di produrre un catalogo in cui, oltre alle fotografie dei pezzi esposti, fosse anche descritto in modo molto sintetico il principio di funzionamento di ciascun strumento. Già in quel periodo infatti i pezzi esposti erano oggetto di visite guidate per scolaresche delle scuole medie inferiori e si trattava di mettere per iscritto in modo leggermente ampliato quanto spegato in occasione delle visite stesse. Tuttavia il catalogo si rilevò essere un'impresa assai più problematica del previsto, non solo per la mole di lavoro che esso richiedeva in termini di testi e di fotografie, ma anche per il fatto che nuovi strumenti venivano di continuo scoperti e/o riportati al loro antico splendore. È importante ricordare infatti che nel 1994 venne pulita solo una parte, circa 120 strumenti, su un totale di ben 400 apparati.

Nel frattempo (inizio 1996) era nato ad opera del prof. Bonavoglia il sito web del Liceo Marco Foscarini e dall'incontro a scuola tra Bonavoglia e Malfi verso la fine del 1999 nacque l'idea di inserire nel sito delle schede con fotografie degli strumenti.

Il lavoro è poi continuato negli anni e il museo virtuale si è accresciuto notevolmente, tanto da richiedere nel 2005 tre quaderni ad anelli tipo ufficio per contenerlo tutto su supporto cartaceo! Dal 2006 i fascicoli cartacei del Museo Virtuale non sono più stati aggiornati, poiché a seguito dei ripetuti aggiornamenti delle pagine la cosa avrebbe comportato costi assai notevoli. Attualmente una pagina in rete descrive in tempo reale l'estensione del sito del Museo.